Il segretario comunale  ha con il comune  un rapporto di servizio ma non un rapporto di lavoro dipendente, che intercorre invece con lo Stato attraverso il Ministero dell'Interno. In precedenza tale rapporto di lavoro intercorreva con l'Agenzia autonoma per la gestione dell'albo dei segretari comunali, ente pubblico istituito dall'art. 17, comma 76, della legge 15 maggio 1997, n. 127, e soppresso dall'art. 7, comma 31 ter, della legge 30 luglio 2010, n. 122, di conversione del d.l. 31 maggio 2010, n. 78, che ha trasferito la gestione dell'albo dei segretari comunali  al Ministero dell'Interno. Secondo l'art. 97 del D. Lgs. 267/2000 il segretario sovrintende allo svolgimento delle funzioni dei dirigenti e ne coordina l'attività, salvo quando il sindaco  abbia nominato il direttore generale. Il segretario inoltre:

• partecipa con funzioni consultive, referenti e di assistenza alle riunioni del consiglio e della giunta e ne cura la verbalizzazione;
• esprime il parere di regolarità, in relazione alle sue competenze, su ogni proposta di deliberazione sottoposta alla giunta ed al consiglio, nel caso in cui l'ente non abbia responsabili dei servizi;
• può rogare tutti i contratti nei quali l'ente è parte ed autenticare scritture private ed atti unilaterali nell'interesse dell'ente;
• esercita ogni altra funzione attribuitagli dallo statuto o dai regolamenti, o conferitagli dal sindaco. In particolare, nei comuni privi di dirigenti possono essere demandate al segretario le funzioni dirigenziali, se non sono attribuite ai responsabili degli uffici o dei servizi (art. 109 del D.Lgs. 267/2000).